เพื่อให้การดำเนินงานด้านการบริหารทรัพยากรบุคคลกรมควบคุมโรค เป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพ สอดรับกับวิสัยทัศน์ที่กำหนด สามารถขับเคลื่อนยุทธศาสตร์กำลังด้านการป้องกันควบคุมโรคและภัยสุขภาพ 20 ปี และบรรลุเป้าหมายตามแผนยุทธศาสตร์ชาติระยะ 20 ปี ด้านสาธารณสุข กองบริหารทรัพยากรบุคคลจึงกำหนดพันธกิจเพื่อเป็นกรอบหรือขอบเขตการดำเนินงาน ดังนี้

1. บริหารทรัพยากรบุคคลอย่างมืออาชีพโดยยึดหลักธรรมาภิบาลตามแนวทางการบริหารจัดการบุคลากรภาครัฐแนวใหม่
2. พัฒนาบุคลากรให้มีสมรรถนะที่จำเป็นในการขับเคลื่อนยุทธศาสตร์กรมควบคุมโรคอย่างเป็นระบบและต่อเนื่อง
3. เสริมสร้างระบบคุณธรรม จริยธรรม ในการปฏิบัติงาน เพื่อให้บุคลากรเป็นคนดี มีวินัยและป้องกันมิให้กระทำผิดวินัย
4. ส่งเสริมให้บุคลากรมีคุณภาพชีวิตในการทำงานที่ดี มีความผาสุกให้เกิดสมดุลระหว่างชีวิตการทำงาน ครอบครัวและสังคม
5. ส่งเสริมการใช้เทคโนโลยีและการจัดการความรู้ในการบริหารทรัพยากรบุคคลให้เกิดประสิทธิภาพ