เพื่อให้การดำเนินงานด้านการบริหารทรัพยากรบุคคลกรมควบคุมโรค เป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพ สอดรับกับวิสัยทัศน์ที่กำหนด สามารถขับเคลื่อนยุทธศาสตร์กำลังด้านการป้องกันควบคุมโรคและภัยสุขภาพ 20 ปี และบรรลุเป้าหมายตามแผนยุทธศาสตร์ชาติระยะ 20 ปี ด้านสาธารณสุข กองบริหารทรัพยากรบุคคลจึงกำหนดพันธกิจเพื่อเป็นกรอบหรือขอบเขตการดำเนินงาน ดังนี้

          1. บริหารทรัพยากรบุคคลอย่างมืออาชีพโดยยึดหลักธรรมาภิบาล ตามแนวทางการบริหารจัดการบุคลากรภาครัฐแนวใหม่

          2. พัฒนาบุคลากรให้มีสมรรถนะที่จําเป็นในการขับเคลื่อนยุทธศาสตร์กรมควบคุมโรคอย่างเป็นระบบ
และต่อเนื่อง

          3. เสริมสร้างคุณธรรม จริยธรรม และป้องกันการทุจริต เพื่อให้บุคลากรเป็นคนดี มีวินัยและป้องกันมิให้กระทำผิดวินัย

          4. ส่งเสริมให้บุคลากรมีคุณภาพชีวิตในการทำงานที่ดี มีความสุขและความผูกพัน เกิดสมดุลระหว่างชีวิตการทำงาน ครอบครัวและสังคม

          5. ส่งเสริมการใช้เทคโนโลยีและการจัดการความรู้ในการบริหารทรัพยากรบุคคลให้เกิดประสิทธิภาพ